Hélène Côté détient une maîtrise en Sciences de l'Atmosphère de l’Université du Québec à Montréal (UQÀM). En 1994, elle s’est joint à ce qui allait devenir le groupe de modélisation régionale de l'UQÀM, œuvrant au développement du modèle régional canadien du climat (MRCC).

Chez Ouranos depuis 2002, Hélène Côté se concentre sur le traitement et l'analyse des simulations des modèles régionaux de climat au sein du groupe Science du climat, ainsi qu’à la vulgarisation de l’information scientifique sur le climat et les changements climatiques.